1.출혈
수술 중에는 수술부위의 혈관에서 출혈이 있을 수 있다. 하지만 수혈이 필요한 정도의 다량의 출혈은 매우 드물다. 혈압과 상태가 안정된 상태에서 시행하는 수술 중에는 더 이상의 출혈이 없고 완전히 지혈되어 수술을 마치더라도 수술 후 혈압과 상태가 불안정해지면 안 보이던 혈관에서 출혈이 발생하는 경우가 있다. 저절로 멈추는 경우도 있지만 때에 따라서 출혈이 지속되면 기관(trachea) 을 혈종이 눌러서 기도가 막힐 수 있다. 이러한 경우 응급 수술로 지혈 해야 되며 목이 많이 붓거나 숨쉬기 어려워짐을 호소하거나 얼굴과 몸이 파래지는 등 (청색증) 현상이 관찰되면 즉시 의료진에게 이야기 해야 한다. 수술하고 난 후 1~2일 정도는 현 증상을 관찰해야 한다.

2.신경손상
갑상선 주위에는 성대로 들어가는 신경들이 분포하고 있으며 갑상선암의 신경 침범이나 정상과 다른 특이 해부학적 신경주행이 있는 경우 신경손상이 올 수 있다. 이중 상부 후두 신경이 저하되면 목소리가 쉬게 되며, 양측이 모두 마비될 경우에는 기도가 막혀 숨을 쉴 수 없게 되어 기관지 절개를 시행해야 할 수도 있다. 따라서 병변이 신경에 붙어 있는 경우에는 신경손상의 가능성이 있으며, 때에 따라서는 완치를 위해 신경을 함께 절단해야 하는 경우가 있다.

3.부갑상선 기능 저하증
갑상선 아전제술 혹은 전절제술 시에는 부갑상선 기능이 저하 될 수 있다. 갑상선에는 보통 4개 (이상)의 부갑상선이 갑상선 후면에 붙어 있는데 부갑상선은 칼슘 대사와 관련된 호르몬을 분비하는 기능을 한다. 갑상선을 제거하면서 주변의 혈관을 결찰하게 되면 일시적인 혈류 감소로 부갑상선 기능 저하증이 발생하고 종양이 유착되거나 침범된 경우에는 같이 제거 될 수 있다. 부갑상선 기능이 저하 될 경우 체내 칼슘 농도가 떨어져 입 주위와 손발이 저리고 꼬이는 증상이 나타날 수 있다. 그러나 수술 직후 이런 증상이 나타나는 것은 과호흡 등에 의해 일어나는 경우가 많다. 증상이 지속되거나 심할 경우 주사제를 맞거나 경구 칼슘 및 비타민 D 제재를 복용하게 되며 대부분 일과성인 경우가 많다. 수술 중 부갑상선으로 주행하는 혈관이 절제되는 경우에는 부갑상선을 목에 있는 근육이나 팔, 다리 등에 이식해서 넣게 된다. 내시경을 이용한 수술의 경우에는 액와부를 통하여 흉벽이나 목근육에 이식을 하게 된다. 이러한 경우에는 약 1~2주 정도 부갑상선에 기능 저하가 올 수 있다.

4.액체 저류 및 농양
갑상선이 제거된 빈 공간이 피부와 밀착되어 붙으려면 일정한 시간이 필요하다. 그 전에 그 사이에 공간에 조직액, 혈종 등의 액체가 고일 수 있다. 대부분의 경우 저절로 흡수되지만 양이 많은 경우 바늘로 뽑거나 배액관을 새로 넣어서 제거해야 하는 경우도 있을 수 있다. 저류된 액체에 균이 감염이 되면 농양이 형성 될 수 있다. 이러한 경우 배액관과 행생제로 치료해야 한다. 또는 절개 배농을 해야 하는 경우도 있다.
5.갑상선 급성 발작 (tyroidstorm)
갑상선 기능 항진증에서 드물게 발생하는 상황으로, 일부 환자의 경우 마취와 수술이 시작 될 때 갑상선 호르몬이 갑자기 다량 배출되어 고열과 맥박 증가를 포함한 전신 대사 항진 등 생명이 위험한 상황에 이르게 될 경우가 있다. 이런 경우 수술은 더 이상 시행할 수 없으며 응급조치를 취해야 한다. 수술은 환자가 안정되고 난 후 갑상선 기능을 저하시키는 약물로 충분히 다시 준비하여 수주 후에 시행해야 한다.
6.림프액 유출
갑상선 수술 후 1~2%에서 발생하며 경부 림프절 수술 (Lymphnode dissection) 을 시행한 경우에는 발생하는 경우가 많습니다. 배액량이 적을 경우엔 저지방 식이를 하며 기다려 볼 수 있지만, 양이 많은 경우 수술을 해야 하는 경우도 있다.
7.호너 증후군
갑상선 옆에 있는 경동맥 주변의 교감신경이 손상으로 한쪽 눈꺼풀이 내려가는 경우가 있다. 암의 림프절 전이가 심하여 광범위한 림프절 수술 (Lymphnode dissection) 할 때 주위 교감신경이 절단되어 발생하기도 하고 수술 중 목을 벌리기 위한 견인 기구 (traction)이 눌려서 발생할 수 도 있다. 대개는 6개월 내지 1년 안에 저절로 회복된다.
8.유착
갑상선 수술하고 난 후 겉의 흉터가 개인에 따라 다르게 남듯이 목 안에서 수술 부위가 아무는 과정에서 과도하거나 엇갈리는 상태로 붙는 경우를 말한다. 목의 주름이 생길 수 있고 , 음식을 삼킬 때 목의 피부가 움직여지고, 목이 당기는 듯한 느낌이 들 수 있다. 수술 다음날 부터 목을 뒤로 과격하게 젖히는 동작만 제외하고 스트레칭 하듯 목과 어깨 운동을 하는 것이 유착 방지에 도움이 된다.
9.통증
수술 후 통증은 진통제로 조절이 가능하다. 상처의 통증과 이상감각은 수주 혹은 수개월에 걸쳐 서서히 좋아지게 되며 어깨의 통증과 운동제한은 운동과 필요한 경우 재활요법을 통해 서서히 좋아진다.